Gerardo, sin intención de ofender, te digo que no puedes afirmar que detrás de palabras como que o cuando se use un tiempo u otro, ya que si piensas en casos concretos siempre se puede sacar un uso con cualquiera de los dos modos.
Muchas veces, como bien apunta guest, una misma estructura puede venir en indicativo o subjuntivo dependiendo de si la accion del verbo se proyecta al futuro o se refiere a una accion cotidiana.
Digamos que hay ciertas estructuras que se usan más comúnmente con subjuntivo y otras con indicativo pero no se puede excluir ninguno de los dos modos.
Por ejemplo, en la frase: 'Él no sabía que Pepe se había casado/hubiera casado'. Ambas son correctas y fíjate que ambas tienen la misma estructura y vienen precedidas de un 'que'. La elecció entre un mkodo u otro en casos como éste (de los que está repleto el habla cotidiana) no radica ni en la gramática ni en las palabras que preceden al verbo, sino en la intención del hablante, algo que nunca se explican ni en los manuales ni en las aulas. 'había casado' presenta la información como nueva, mientras que 'hubiera casado' la presenta como compartida por al menos dos de las personas que hablan o están incluidas en la frase (hablante y oyente más 'él').
A ver en qué gramática encuentras explicaciones que incluyan la intención del hablante. En España también, pero sobretodo en Rusia todos se ciñen a la gramática, pero lo hacen por comodidad y por ignorancia, ya que la realidad de la discriminación de modos es mucho más compleja y o no la conocen o prefieren no complicarse y reducirlo todo a palabras que introducen cada modo o a estructuras que discriminan modos (reglas que no son de aplicación en muchísimos casos y frustran al alumno).