'Conversar' puede ser equivalente a 'tener una conversación' o 'estar conversando', no obstante no creo que su uso sea totalmente indiferente tanto al sentido, como a lo que se llama norma.
A la pregunta que ¿Qué hacen? Se puede perfectamente responder "Conversan", pero se puede también responder "están conversando". En este último caso se le agrega al mensaje un sema, que es el aspecto durativo de la acción. Respecto a la tercera variante me parece demasiado rebuscada y además de poco uso: "tienen una conversación".
La frase "Están teniendo una conversación acerca de una discusión que tuvieron ayer", sin que se le pueda encontrar alguna agramaticalidad, me resulta muy extraña, no creo que la escuche alguna vez, a no ser de que se trate de una variante muy circunscrita socialmente o geográficamente. Por mi parte diría esto de dos maneras: "Conversan sobre la discusión que tuvieron ayer"; "Están conversando sobre la discusión que tuvieron ayer".