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La gastroenteritis aguda (GEA) fisiopatológicamente se puede definir como una anomalía del transporte de líquidos y electrólitos a través de la mucosa intestinal y, por lo tanto, se caracteriza por el incremento de éstos en las heces, siendo anormalmente líquidas y frecuentes. Suele ser un proceso autolimitado y benigno en países desarrollados; sin embargo, es una entidad de importancia en la infancia en todo el mundo por su gran prevalencia y morbi-mortalidad. Si consideramos que existe un cierto grado de inmadurez en la mucosa intestinal, que los agentes etiológicos que afectan al intestino delgado preferentemente (porción que absorbe hasta el 80 % del agua) son habituales en la niñez, junto con otros factores anatomofisiológicos característicos de esta edad, se explica su mayor tendencia a la deshidratación.
Se diferencian 3 grupos etiológicos de GEA en la infancia: la infección enteral (GEA infecciosa) responsable de hasta el 80 % de los cuadros, las infecciones parenterales (infecciones respiratorias, urinarias o intraabdominales son asociaciones reconocidas en los primeros meses de vida) y la etiología no infecciosa que comprende una serie de procesos de variado origen (transgresiones dietéticas, intolerancias alimentarias, procesos inflamatorios intestinales, laxantes u otros tóxicos (antimetabolitos), y las enfermedades sistémicas como hipertiroidismo, fibrosis quística, etc.
Entre los agentes implicados en las GEA infecciosas encontramos virus (rotavirus, adenovirus, Norwalk, astrovirus, coronavirus...), bacterias (Salmonella, Shigella, Campylobacter, E. coli, Yersinia, Aeromonas...), parásitos (G. lamblia, Cryptosporidium, Ascaris, Entamoeba histolytica,...) y hongos (Candida albicans). La participación de los distintos gérmenes difiere de unas áreas a otras y depende de la metodología de estudio; aunque en España existe una gran coincidencia en considerar al Rotavirus como el agente viral más frecuente (sobre todo en menores de 2 años) y a la Salmonella como la bacteria con una mayor prevalencia. La etiología viral es la más frecuente en términos absolutos y en cuanto al predominio estacional hay mayor incidencia viral en otoño-invierno mientras que las bacterias afectan preferentemente en primavera-verano.